Za pracę naukową i dydaktyczną oraz opiekę nad chorymi obecni pracownicy Kliniki byli wyróżniani licznymi nagrodami, jak m.in.:

• Nagroda J.M. Rektora UJ Pro Arte Docendi (2012/2013), Medal Plus ratio quam vis (2009), honorowe członkostwo Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego (2013) oraz tytuł Honorowego Profesora UJ (2019) (Jacek S. Dubiel)

• Nagroda J.M. Rektora UJ Pro Arte Docendi, Wyróżnienie w kategorii „Mentor Studenta” w IX edycji Laudacji Studenckich przyznane – głosami Studentów UJ – przez Samorząd Studentów UJ, oraz Nagroda „Za troskę, opiekę i wsparcie oraz stałą chęć niesienia nam pomocy” przyznana przez Absolwentów kierunku lekarskiego Wydziału Lekarskiego UJ CM (2023 – Andrzej Surdacki)

• Medal Komisji Edukacji Narodowej za osiągnięcia w pracy dydaktycznej jako wiodący Opiekun SKN przy II Klinice Kardiologii (2021 – Bernadeta Chyrchel)

• Nagroda im. Tadeusza Browicza przyznana przez Polską Akademię Umiejętności „Za odkrycie nowych molekularnych mechanizmów oceny funkcji śródbłonka naczyń” (2015 – Andrzej Surdacki)

• Nagroda Premiera za wybitne osiągnięcie naukowo-techniczne „Zastosowanie stentów bioabsorbowalnych uwalniających lek antyproliferacyjny w tętnicach wieńcowych w chorobie niedokrwiennej serca” (2011 – Dariusz Dudek)

• Nagroda Premiera za wyróżnioną rozprawę habilitacyjną (2001 – Andrzej Surdacki)

• Nagroda Premiera za wyróżnioną rozprawę doktorską (1998 – Dariusz Dudek)

• Wyróżnienie w Konkursie im. Aurelii Baczko na najlepszą pracę doktorską w dziedzinie nauk biomedycznych przyznane przez Towarzystwo Popierania i Krzewienia Nauk (1994 – Andrzej Surdacki)

• Zespołowa Nagroda Naukowa Wydziału Nauk Medycznych Polskiej Akademii Nauk za cykl prac dotyczących inwazyjnego leczenia zawału mięśnia sercowego w celu zmniejszenia śmiertelności poprzez tworzenie sieci współpracujących szpitali w Małopolsce (2009) oraz Nagroda Miasta Krakowa za wybitne osiągnięcia w zakresie kardiologii interwencyjnej (2010) (Jacek S. Dubiel, Dariusz Dudek, Artur Dziewierz, Tomasz Rakowski, Zbigniew Siudak)
• Nagroda Zespołowa w Drugiej Edycji Konkursu Dziekana Wydziału Lekarskiego na Najlepszą Oryginalna Pracę Naukową z zakresu nauk przedlinicznych i klinicznych, opublikowaną przez Pracowników Wydziału w roku 2015  (2016 – Bernadeta Chyrchel, Andrzej Surdacki).
• Nagroda „ANDREAS” Asocjacji Interwencji Sercowo-Naczyniowych PTK za wybitne osiągnięcia i osobisty wkład w rozwój kardiologii interwencyjnej w Polsce (2013 – Jacek Legutko; 2008 – Dariusz Dudek; 2006 – Krzysztof Żmudka)

• Wyróżnienie w organizowanym corocznie przez Studentów WL UJ CM plebiscycie na najlepszego asystenta na III roku studiów (2017 – Stanisław Bartuś; 2018 – Andrzej Surdacki)

• I Miejsce w Konkursie na Najlepsze Studenckie Koło Naukowe na Wydziale Lekarskim UJ CM w kategorii nauki kliniczne niezabiegowe, organizowanym przez Studenckie Towarzystwo Naukowe UJ CM – za rok akademicki 2018/2019 (2019 – Opiekunowie SKN przy II Klinice Kardiologii: Bernadeta Chyrchel, Olga Kruszelnicka, Andrzej Surdacki)

• I Miejsce w Konkursie na Najlepsze Studenckie Koło Naukowe na Wydziale Lekarskim UJ CM w kategorii nauki kliniczne niezabiegowe, organizowanym przez Studenckie Towarzystwo Naukowe UJ CM – za rok akademicki 2020/2021 (2021 – Opiekunowie SKN przy II Klinice Kardiologii: Bernadeta Chyrchel, Michał Chyrchel, Łukasz Rzeszutko, Andrzej Surdacki)
• I Miejsce w Konkursie na Najlepsze Studenckie Koło Naukowe na Wydziale Lekarskim UJ CM w kategorii nauki kliniczne niezabiegowe, organizowanym przez Studenckie Towarzystwo Naukowe UJ CM – za rok akademicki 2021/2022 (2022 – Opiekunowie SKN przy II Klinice Kardiologii: Bernadeta Chyrchel, Michał Chyrchel, Andrzej Surdacki)

• Nagroda „Niezastąpiony Opiekun Roku” przyznana przez Starostów Grup kierunku lekarskiego 2015-2021 oraz 2016-2022 (2022 i 2021 – Andrzej Surdacki)

• Nagroda w kategorii „Pomoc w rozwoju naukowym” przyznana przez Absolwentów kierunku lekarskiego 2016-2022 (2022 – Andrzej Surdacki)

• Nagroda PTK za monografię o rezerwie przepływu wieńcowego opublikowaną w roku 2002 w wydawnictwie zagranicznym (Paweł Petkow-Dimitrow)

• Nagroda „Złote Jabłko Sądeckie” za zaangażowanie w wypełnianiu zawodowych obowiązków, uznanie pacjentów i stałe podnoszenie standardu usług medycznych przyznana przez Starostę Nowosądeckiego (2009 – Stanisław Bartuś)

• Wyróżnienie – Best poster ESC 2018 w sesji: Valvular Heart Disease: Intervention (2018 – Tomasz Rakowski, Zbigniew Siudak, Artur Dziewierz, Paweł Kleczyński, Dariusz Dudek)

• Specjalna Nagroda Towarzystwa Internistów Polskich za wyjątkowe zasługi w rozwijaniu Polish Archives of Internal Medicine – oficjalnego czasopisma Towarzystwa (2018 – Artur Dziewierz)

• Nagroda za wkład w budowanie pozycji Kardiologii Polskiej dla autorów najczęściej cytowanych artykułów opublikowanych na łamach czasopisma w latach 2008-2018 (2018 – Paweł Kleczyński, Artur Dziewierz, Andrzej Surdacki, Dariusz Dudek)